Viêm não bản thân nó không thể phòng ngừa được ngoại trừ các biện pháp phòng ngừa các bệnh lý có thể dẫn đến viêm não. Các bệnh này thường là những bệnh nhiễm trùng thông thường ở trẻ em như sởi, quai bị và thủy đậu và có thể phòng ngừa hiệu quả bằng tiêm chủng.

Trong những vùng mà viêm não được lây truyền do côn trùng, nhất là muỗi, thì trẻ em nên , :

• Tránh chơi ngoài trời vào lúc bình minh hoặc hoàng hôn
• Cần mặc áo quần phủ kín tay chân như mang tất
• Dùng các chất xua đuổi côn trùng
• Nằm màn khi ngủ
• Vệ sinh môi trường: phát quang bụi rậm, thông thoáng cống rãnh, đậy kỹ các vật dụng chứa nước, loại bỏ các dụng cụ thừa có khả năng đọng nước.Mục đích nhằm giảm thiểu nơi cư ngụ cũng như nơi đẻ trứng của muỗi.